A EFSA (Autoridade Europeia para a Segurança Alimentar) realizou um levantamento sobre a utilização do WGS (Sequenciamento de Genoma Completo), pelos laboratórios de saúde pública e segurança alimentar da região. O levantamento foi realizado a partir de um questionárioenviado às redes de laboratórios de 30 países da UE (União Europeia) e EFTA(Associação Europeia de Livre Comércio).
A preocupação da Comissão Europeia é apurar a capacidade instalada em WGS para a análise dos principais patógenos de origem alimentar: Salmonella spp., E. coli (VTEC), Campylobacter spp., L. monocytogenes, Staphylococcus Coagulase Positive (incluindo Staphylococcus aureus), entre outros. E também para isolados resistentes aos antimicrobianos, de animais, gêneros alimentícios e ração, bem como suas amostras ambientais.
O levantamento apurou que, apesar de utilizado em laboratórios de diferentes setores, incluindo saúde pública, segurança alimentar e laboratórios veterinários, tanto públicos quanto privados, o processo é realizado com prazos que variam nos diversos estados membros da UE e países associados (EFTA).
Até o final de 2016, todos os Laboratórios de Referência da UE (EURLs) afirmaram realizar algum tipo de atividades de WGS para os fins apontados na pesquisa. Também responderam positivamente, 44% dosLaboratórios Nacionais de Referência (NLRs) e 7% dos Laboratórios Oficiais (OLs).
EURLs / NRLs / OLs que realizam atividades de WGS
Desse totalde laboratórios que respondeu positivamente, 12%estavam utilizando WGS rotineiramente para todos os isolados. Na maioria dos casos, o WGS foi aplicado apenas para tipificar um subconjunto de isolados e, em geral, aplicado em paralelo a outras técnicas.
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Considerando a distribuição espacial, laboratórios de 17 dos 30 paísesque responderam ao questionário estavam realizando algum tipo de atividade de WGS quando a pesquisa foi realizada. Entre esses países, 15 são Estados-Membros da UE(Áustria, Bélgica, República Checa, Dinamarca, Finlândia, França, Alemanha, Irlanda, Itália, Luxemburgo, Países Baixos, Polônia, Eslovênia, Suécia e Reino Unido) e 2 são países associados(Islândia e Noruega).
Distribuição espacial de LNRs e OLs que executam atividades de WGS
As redes de EURLs para E. coli(incluindo VTEC), Salmonella spp. e L. monocytogenes foram as que apresentaram maior proporçãode Laboratórios Nacionais de Referência realizando WGS. Foram quase 50% dos laboratórios pertencentes a cada uma dessas redes, seguidos pela Rede de Campylobacter spp.
Cerca de metade dos LNRs que não havia implementado o WGS, afirmou à época planejar fazê-lo dentro de dois a três anos. O baixo engajamento dos OLs, segundo a EFSA, deve-se ao fato de não executarem, necessariamente, a tipagem molecular.
Os principais motivosapontados pelos laboratórios para a não utilização do WGSforam a falta de capacidade, por razões financeiras ou técnicas, bem como a falta de conhecimento. Em alguns casos, a sua implementação não foi considerada uma prioridade, por não existirem requisitos oficiais para utilização de WGS para investigações oficiais.
O trabalho apontou para a necessidade de preparar as instituições públicas para lidar com diferentes tipos de dados a serem utilizados na vigilância e investigação de surtos. As informações apuradas irão orientar as instituições europeias na decisão dos próximos passos para apoiar a implementação do WGS. Um novo questionário para abordar a realidade da utilização dessa técnica em 2018 foi recentemente lançado pela Comissão Europeia.
Questionários
Os questionáriosforam construídos num trabalho conjunto entre a Comissão Europeia, a EFSA e os Laboratórios de Referência da União Europeia. A pesquisa foi estruturada em 4 seções:
Questões geraissobre o uso de WGS no laboratório.
Projetos em andamentocom a aplicação do WGS sobre microorganismos aos quais os laboratórios se dedicavam.
A capacidade em WGS (terceirização / ‘in house’), que incluía perguntas sobre: objetivos, tipos digitados e outros métodos em execução em paralelo com o WGS; Métodos de laboratório (“laboratório molhado”); análise / ferramentas de bioinformática (“laboratório seco”);
Uma seção geral sobre o interesse dos laboratórios em colaborare obter apoio dos EURLs para as atividades do WGS.
Para acessar as informações completas sobre o levantamento, baixe o pdf.
