Segurança Alimentar: UE diagnostica realidade laboratorial da região

EURLs / NRLs / OLs que realizam atividades de WGS

Desse total de laboratórios que respondeu positivamente, 12% estavam utilizando WGS rotineiramente para todos os isolados. Na maioria dos casos, o WGS foi aplicado apenas para tipificar um subconjunto de isolados e, em geral, aplicado em paralelo a outras técnicas.

Considerando a distribuição espacial, laboratórios de 17 dos 30 países que responderam ao questionário estavam realizando algum tipo de atividade de WGS quando a pesquisa foi realizada. Entre esses países, 15 são Estados-Membros da UE (Áustria, Bélgica, República Checa, Dinamarca, Finlândia, França, Alemanha, Irlanda, Itália, Luxemburgo, Países Baixos, Polônia, Eslovênia, Suécia e Reino Unido) e 2 são países associados (Islândia e Noruega).

Distribuição espacial de LNRs e OLs que executam atividades de WGS

As redes de EURLs para E. coli (incluindo VTEC), Salmonella spp. e L. monocytogenes foram as que apresentaram maior proporção de Laboratórios Nacionais de Referência realizando WGS. Foram quase 50% dos laboratórios pertencentes a cada uma dessas redes, seguidos pela Rede de Campylobacter spp.

Cerca de metade dos LNRs que não havia implementado o WGS, afirmou à época planejar fazê-lo dentro de dois a três anos. O baixo engajamento dos OLs, segundo a EFSA, deve-se ao fato de não executarem, necessariamente, a tipagem molecular.

Os principais motivos apontados pelos laboratórios para a não utilização do WGS foram a falta de capacidade, por razões financeiras ou técnicas, bem como a falta de conhecimento. Em alguns casos, a sua implementação não foi considerada uma prioridade, por não existirem requisitos oficiais para utilização de WGS para investigações oficiais.

Os questionários foram construídos num trabalho conjunto entre a Comissão Europeia, a EFSA e os Laboratórios de Referência da União Europeia. A pesquisa foi estruturada em 4 seções:

1. Questões gerais sobre o uso de WGS no laboratório.
2. Projetos em andamento com a aplicação do WGS sobre microorganismos aos quais os laboratórios se dedicavam.
3. A capacidade em WGS (terceirização / ‘in house’), que incluía perguntas sobre: objetivos, tipos digitados e outros métodos em execução em paralelo com o WGS; Métodos de laboratório (“laboratório molhado”); análise / ferramentas de bioinformática (“laboratório seco”);
4. Uma seção geral sobre o interesse dos laboratórios em colaborar e obter apoio dos EURLs para as atividades do WGS.

Para acessar as informações completas sobre o levantamento, baixe o pdf.

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